明末年，重庆长寿菩提山区有一位名叫张奇的蛇医，不仅这个人医术高明，古道热肠，更神奇的是：他家的祖先传一本毛边线装的《驱蛇咒》。这部古典作品是用“梵文”写成的，是用水把草药打成泡沫的，又黄又旧。
到了月黑风高的夜晚，张奇用特别的药擦拭全身，换上黑色的衣服，戴上蛇皮面具，腰上缠着酒瓢，手里拿着长笛，来到后山，盘腿坐在大石头上，向西展开“驱蛇咒”，嘴里念着什么事。
烧香一半的时候，山间森林中的大小蛇被咒语召唤，争先恐后地来到这里，包围着“张奇”，就像蛇族大会一样。此时，张奇汇入《驱蛇咒》，双手横着拿着长笛，缓缓地吹着凄惨的古曲，其声哭如诉，促人断肠。
蛇群一瞬间着迷地跳舞了。跳完舞后，从怀里掏出一个鹿皮袋，一把锋利尖尖的小刀，挑了三条最粗最肥的蛇，剥下蛇皮，取出美味的白色细蛇肉，露出暗绿色的蛇胆，吞下自制的山酒和两颗，带回一颗，让5岁的儿子吞下。新鲜的蛇血，涂在酒瓢上，在阴凉处干燥，肉交给妻子，炖，炖，煮，随你的喜好。而且，这个幸福的三口之家，品尝了美味的蛇肉佳肴。
有人问张奇：“你会驱蛇术，为什么抓不多的几条蛇，卖给山下食堂和酒店，换白花银？”张奇正色之道：“我家祖宗曾经在菩提山脚下一个丐帮长老治疗蛇毒伤疤，那位长老身上什么都没有，向救命之恩答礼，破例将其帮忙驱除非内秘外的蛇术传授给我家的祖先。先祖的遗命，杀蛇只能在饥饿时填饱肚子，不能贪得无厌，不然天罚就中了！“
张奇独生子张宗自幼受父亲教导，长大后学会妙手回春的蛇医本领，并贤明绝活，是远近的小才人。
张宗和菩提山脚下的胡姓铁匠的女儿胡彩蝶两种想法。他获得官职，成为朝廷命官后，接“胡彩蝶”一家和自己的父母任地，娶了“胡彩蝶”。
从小，张宗就被同样非常奇怪的梦缠住，在梦中，他与裸白黑两只巨蟒嬉戏，有时，走进黑蟒的腹中，轻敲一块巨大的黑色石碑，刻在那块石碑上梵文；时而钻进白蛇的肚子，抚摸着巨大的玉珠，那玉珠发出耀眼、馥郁的香味，使他闪耀……
无数次，张宗从同一个梦中醒来，只是觉得血流畅通，全身舒适，同时困惑。他把这个梦告诉了彩蝶，彩蝶笑着说：“你，和你爸爸一样，一辈子跟蛇打交道，快成蛇仙了！”
[张宗]先后被朝廷任命为知县、知州、官吏期间，他爱民如子、恨如仇、两袖清风，深拥百姓之爱。但是，张宗由于不太了解官场的潜规则，常常受到同事的排斥镇压。
45岁那年，疲于官场张宗辞官返乡，菩提在山上与世无争地逍遥度日。夫人彩蝶自幼信佛，在她的影响下，张宗也逐渐对佛学理产生了浓厚的兴趣，经常陪同夫人去菩提寺烧香拜佛。
但是，在张宗年辞去官职返乡5年后，彩蝶年因病去世。张宗很悲伤。埋葬夫人后，不顾家人的强烈反对，在寺院里剃发，法名叫做素净，然后一心向佛走去。几年后，菩提寺高德德昭僧侣去世，在归天之前，他遗命继承自己方丈的地位，并多次请求他修复日益老化的菩提寺。
做“方丈”后的素净记住“德昭”大师的遗命，四处筹集捐款，3年后，“菩提”寺重建工程顺利展开。
工程进行到三分之二的时候钱就用完了，工程被中断了。
穷困潦倒的素净，经过深思熟虑，带着数名小沙弥，辗转于旅笼，到曾经自己侍奉的山东某地去募集捐款，得到了当地人的极大支持。
菩提在返回寺庙的途中，素净一行人来到小森林休息。突然，一个小沙弥颤抖着指着对面的山丘。好大的蛇啊……“
手指一看，黑白两条巨大的蛇，有水桶那么大，乌黑发亮，像一条乌龙。那条白蛇就像玉带一样，雪白地闪闪发光，但是两条蛇竭尽全力，不分血不分肉地战斗着。
小沙弥他们屏住呼吸，屏住呼吸看着。只是，泰然自若地端详着在自己的梦中多次出现的那两条巨大的蛇。
在上着一根左右的香的时候，终于一战结束了，两只巨大的蛇变得破烂不堪，奄奄一息。素净走上前，双手合十，用从小就记得的蛇语对白蛇说。“因为是从同一个根中诞生的，煎后急什么？”
白蛇慢慢地抬起头，“哇”地一声，吐出一个巨大的圆形玉石，那玉光耀眼，直射得光彩夺目，旁边的黑蛇吐出一块巨大的黑色石碑，石碑上刻满了梵文。
白蛇为难地说。“我和他都是在此地修行了八百年的灵蛇。那个肚子里的石碑上刻着的是我们灵蛇得道成为仙人的天书……写着三千年的修行就能成为仙人……如果得到我肚子里的这个珠子，千年的修行就完成了……”
素净念了一声阿弥陀佛，长叹道：“两个道友，这次拼上性命，本来是为了对方肚子里的灵物！”。
黑蛇气如丝游动：“现在我们气数已尽，只怕熬不住一个时间……”轻描淡写地点了点头：“我和和尚有缘，请您回来后，把两个灵物交给我……”。
白蛇说。“虽说我们功力不足，但也不是凡身的肉体……”先生请我们的蛇皮做药酒，让它的肉做药丸……用蛇皮酒吃药丸，专门治疗眼疾，蛇骨可以做两座灵塔，供在你的寺庙里供养可以保持一方的平安！“不久两条蛇就死了。
按照他们的遗志，剥下蛇皮泡在酒里，然后把那块肉烤成两盒药丸。巨大而沉重的蛇骨和石碑，是当地雇佣的力夫日夜兼营的长寿。
回到寺庙的第二天，菩提寺庙重建工程再次展开，素净在寺庙里设了药房，专门为善男信女治疗各种眼疾，百试不爽。他将刻有“梵文”天书的石碑供奉在大雄殿，蛇骨严选熟练工匠制作了两座人高的灵塔，供奉在石碑两侧。
当一个仰慕的驼背老人在石碑和灵塔前敲了八个头，举起三根香站起来时，他惊讶地发现自己背上天生的大驼背包不见了。那一瞬间，他高兴地哭了。
随后，工匠在菩提山顶立起一根大铁柱，将璀璨的灵珠放在其上，每夜，灵珠光华四散，照亮数里！菩提寺庙也在佛光的照耀下，是香的顶峰！
